Costruito sul finire del cinquecento, lo splendido palazzo, che si articola attorno ad un cortile centrale è stato rimaneggiato nel XVIII secolo. Ai lati del portale in stile durazzesco, sono posizionati due rocchi di colonna in granito con funzione di paracarro, provenienti probabilmente dalla vicina area archeologica al di sotto della chiesa di Sant’Agostino. 

Unico nel suo genere, il palazzo conserva ancora oggi lo splendido giardino che anticamente consentiva, attraverso un loggiato, l’affaccio diretto al mare. La famiglia d’Aquino, di antica estrazione longobarda, che lo elesse a dimora, giunse a Taranto probabilmente nel 1462 come alleata nella congiura guidata da Giovanni Antonio Orsini del Balzo ai danni di Ferdinando I d’Aragona passata alla storia come la “Congiura dei Baroni”.  

Discendente illustre della nobile casata fu Tommaso Nicolò d’Aquino, colto letterato che proprio all’interno del palazzo ospitò l’Accademia degli Audaci, circolo culturale istituito nella seconda metà del Cinquecento dallo storico Giovanni Giovine e dal poeta Cataldo Antonio Mannarino. Tommaso Nicolò d’Aquino continuò ed intensificò l'attività dei suoi predecessori promuovendo attive discussioni e studi sui temi legati alla poesia, alla teologia, alla filosofia, alla botanica e alla zoologia, e favorendo la diffusione del sapere nella città.