La presenza delle Clarisse a Taranto è testimoniata fin dalla seconda metà del 1300 e pare che le monache avessero un loro monastero fuori dalle mura della città, abbandonato intorno al 1480 a causa delle frequenti incursioni turche. 

La nuova struttura conventuale fu costruita tra il 1596 ed il1610 per volere e lascito testamentario di Raffaele Pesce, medico della classe media, per ospitare le fanciulle sia popolane che nobili che non avevano trovato marito. Sorto nelle immediate vicinanze della Cattedrale, ospitò da un primo nucleo di sole tre religiose sempre più consorelle divenendo sin da subito uno dei punti di riferimento religioso della città. Secondo la tradizione popolare le prime ospiti della struttura religiosa erano solite allevare galline le cui uova erano vendute a buon prezzo in virtù del principio di carità cristiana. Da ciò deriva il detto: "vecchianne l'uev'e d'u cumende de Sanda Chiare. Frische, gruesse e mmarcate" (“vuole le uova del convento di Santa Chiara. Fresche, grosse e a buon mercato”); l’antico modo di dire, ancora usato dagli abitanti della Città Vecchia si riferisce a coloro i quali vogliono realizzare un buon affare a basso costo. La struttura, che ingloba edifici di epoche precedenti, si articola intorno a due chiostri quadrangolari e ad una piccola aula liturgica che conserva un pregevole altare in marmo. 

Al di sotto del piano di calpestio del primo chiostro è stata individuata la presenza di una grandissima cisterna per la raccolta della acque che garantiva alla struttura conventuale riserve in grande quantità. Varcato il portale di accesso, che si apre sulla facciata costruita durante il periodo fascista, si incontra la cosiddetta “ruota degli esposti”, sistema che permetteva di far entrare all’interno della clausura piccoli oggetti, perlopiù cibo, e solo in rari casi bambini in fasce abbandonati dalle madri. Durante il ventennio fascista, l’antico prospetto sulla piazza è stato sostituito da una facciata che meglio poteva rispondere ai canoni stilistici del periodo. 

Attualmente, la struttura, ospita il Tribunale per i Minorenni.