Costruito a partire dal 1713 grazie all’ingente lascito testamentario di Giovanbattista Protontino, la chiesa e l’annesso convento di San Michele Arcangelo sorsero per dare ricovero alle fanciulle orfane della città. La struttura conventuale, che anticamente confinava con il complesso religioso che aveva come luogo di culto la chiesa della Santissima Trinità (demolita per far riemergere le colonne del tempio dorico), si articolava attorno al piccolo chiostro al di sotto del quale si apre ancora oggi una grande cisterna. La chiesa, a navata unica, ingentilita dalla splendida decorazione in stucco del 1757, conserva il coro delle religiose protetto dalle grate che garantivano il rispetto della regola della clausura durante le celebrazioni liturgiche. 

Sull’altare maggiore trova posto la statua dell’Immacolata (momentaneamente custodita in Cattedrale) proveniente dalla Chiesa del Convento di San Francesco e qui trasferita durante l’occupazione napoleonica. 

La splendida statua, che presenta importanti affinità con le opere di Nicola Fumo, noto artista Napoletano, giunse in città nel 1679 tra il giubilo dei fedeli tarantini e lo stupore per la bellezza della sua fattura. Dal 1711, a seguito del terribile terremoto dell’anno prima che non arrecò danni alla città, si disse per intercessione della Madonna, l’Immacolata fu eletta protettrice di Taranto dal capitolo e dal clero locale.  

Con la soppressione degli ordini religiosi e la trasformazione del Convento di San Francesco d’Assisi in caserma, la Confraternita dell’immacolata che operava attivamente nel territorio della città già dal XVI secolo, fu costretta a trasferirsi nella chiesa di San Michele. La fraternità religiosa aveva la missione di prendersi cura dei carcerati e dei condannati a morte a favore dei quali i confratelli questuavano per le strade di Taranto, diffondendo tra la popolazione la devozione verso l'Immacolata, in un periodo in cui il dogma dell'Immacolata Concezione non era ancora accettato universalmente.

L’antica struttura conventuale è attualmente sede dell’Istituto Musicale Giovanni Paisiello.